Na terenie Nadleśnictwa Włocławek w leśnictwie Lipiny znajduje się miejsce upamiętniające bohaterską śmierć porucznika marynarki Jerzego Pieszkańskiego, który zginął 14 sierpnia 1920 roku podczas wojny polsko-bolszewickiej w walce Flotylli Wiślanej Marynarki Wojennej.

Jerzy Pieszkański, urodził się w 1900 r. w Ustiźnie Nowogródzkiej, jako syn Edwarda, generała-majora floty rosyjskiej. Do Polski przybył w 1918 r. Po wydaniu dekretu o utworzeniu Polskiej Marynarki Wojennej został przydzielony do korpusu rzeczno-brzegowego. W 1920 r. objął dowództwo nad ORP "Moniuszko" a od sierpnia tego roku prowadził intensywne patrolowanie Wisły na odcinku Warszawa-Modlin-Płock-Włocławek. Z Modlina do Torunia holował berlinki (barki transportowe) wówczas wypełnione amunicja. W drodze powrotnej do Modlina, na wysokości ruin zamku w Bobrownikach został zaatakowany przez oddział bolszewicki. ORP "Moniuszko" zatonął, a wielokrotnie ranny J. Pieszkański został dobity przez Rosjan.

Jako oddzielna jednostka administracyjna istnieje od przełomu XVIII/XIX wieku, gdy po II rozbiorze władze pruskie skonfiskowały lasy królewskie i dobra poduchowne przejmując je na własność skarbu pruskiego. Początkowo jednostka zarządzająca tymi lasami mieściła się w Kowalu, a od 1820 roku (już w okresie Królestwa Kongresowego) przeniesiona została do Włocławka.
Aż do rozpoczęcia I wojny światowej lasy te jako leśnictwo włocławskie były rosyjskimi lasami rządowymi. w których wykonano pomiary leśno-gospodarcze w 1846 r. (uzupełnione w 1865. 1896 i 1911 r.) przez rosyjski Urząd Leśny.
Po odzyskaniu niepodległości w 1918 r. byłe rosyjskie lasy rządowe przechodzą na własność Skarbu Państwa Polskiego i tworzą pierwotne Nadleśnictwo Włocławek,    z którego w 1920 r. wyodrębniono Nadleśnictwo Kowal istniejące do 1939 r.
Obydwa nadleśnictwa od 1920 r. podlegały zarządowi lasów państwowych w Warszawie.
Po II wojnie światowej z lasów obecnego nadleśnictwa utworzono Nadleśnictwo Włocławek i zreorganizowano przedwojenne Nadleśnictwo Kowal tworząc Nadleśnictwa Czarne i Jedwabna.
W 1948 r. utworzono z części Nadleśnictwa Włocławek (leśnictwa Osięciny) oraz lasów pomajątkowych Nadleśnictwo Boniewo.
Z dniem 1 stycznia 1973 r. byłe Nadleśnictwa Włocławek. Czarne i Jedwabna przeorganizowano, które jako obręby weszły w skład Nadleśnictwa Włocławek, a od 1 stycznia 1978 r. zmieniono granice tych trzech obrębów oraz przyłączono do Nadleśnictwa Włocławek jako obręb Boniewo część byłego Nadleśnictwa Boniewo.
Kolejne zmiany to wyłączenie obrębu Boniewo (bez leśnictwa Osięciny) do Nadleśnictwa Kutno.
W okresie 1.01.1995-21.12.2002 r. lasy obecnego nadleśnictwa wchodziły w skład dwóch nadleśnictw: Nadleśnictwa Włocławek i Nadleśnictwa Kowal.